Japońska Konwencja Baptystyczna do chwili obecnej pozostaje w ścisłych związkach z południowymi baptystami i ma charakter konserwatywnyF. Calvin Parker, The Southern Baptist Mission in Japan, 1889-1989 [Misja Południowych Baptystów w Japonii w latach 1889–1989], University Press of America, 1991..
Ważniejsze wyznania protestanckie thumb|250px|Kościół Chrystusowy w Tokio thumb|250px|Kościół baptystyczny w Fukuoka thumb|250px|Zielonoświątkowy Misyjny Kościół Chrystusa w Nagoja W kraju działają wszystkie ważniejsze wyznania protestanckie, m.in.: Zjednoczony Kościół Chrystusa – 130 769 członków i 187 000 wiernych, w 1730 zborachOperation World, 2010., Kościół Duch Jezusa – kościół charyzmatyczny, 74 850 członków i 125 000 wiernych, w 624 zborach, Kościół Anglikański w Japonii – 28 450 członków i 56 900 wiernych, w 316 kościołach, Japońska Konwencja Baptystów – 16 875 członków i 35 100 wiernych, w 335 zborach, Zbory Boże w Japonii – 22 800 członków i 31 000 wiernych w 215 zborach, Kościół Ewangelicko-Luterański Japonii – 7267 członków i 22 020 wiernych w 160 kościołach, Kościół Adwentystów Dnia Siódmego – 15 300 członków i 17 150 wiernych w 119 zborach, Japoński Kościół Świętości – 5400 członków i 13 500 wiernych w 168 zborach, Kościół Chrystusowy Ewangelii – 9600 członków i 12 960 wiernych, w 228 zborach,