Prezbiteriański Kościół Chrystusowy – 5485 członków i 12 450 wiernych, w 125 kościołach, Generalna Misja Immanuela – 7029 członków i 12 300 wiernych, w 123 zborach, Bracia plymuccy – 8500 członków i 11 200 wiernych, w 165 zborach, Kościół koreańsko-języczny – 6950 członków i 10 425 wiernych, w 139 zborach, Kościół angielsko-języczny – 6667 członków i 10 000 wiernych, w 189 zborach, Kościół Reformowany w Japonii – 5297 członków i 9800 wiernych, w 154 kościołach, Japoński Sojusz Chrześcijański (TEAM) – 6704 członków i 9050 wiernych, w 190 kościołach, Koreański Kościół Chrześcijański w Japonii (Kościół Prezbiteriański) – 7160 wiernychŚwiatowa Rada Kościołów., Unia Baptystyczna Japonii – 4420 członków i 7028 wiernych, w 70 zborach, Konwencja Baptystyczna Okinawa – 3404 członków w 38 zborach, Chrześcijański i Misyjny Sojusz – ok.