Japończycy opowiedzieli się przychylnie za głoszoną Ewangelią dopiero pod koniec XIX wieku, gdy Japonia ponownie otworzyła się na Zachód. Wkrótce jednak odżyły podejrzliwość i odrzucenie chrześcijaństwa. Rozwój protestantyzmu został zahamowany na początku XX wieku. Po II wojnie światowej rozpoczął się intensywny rozwój ewangelicznego chrześcijaństwa w Japonii, w tym ruchu zielonoświątkowego, który trwa. Zauważalny jest wpływ protestantów ewangelikalnych z Korei Południowej.
Japońskie Towarzystwo Biblijne powstało w 1937 r. dzięki pomocy ze strony Szkockiego Towarzystwa Biblijnego, Amerykańskiego Towarzystwa Biblijnego oraz Brytyjskiego i Zagranicznego Towarzystwa Biblijnego.
Dzieje baptystów Pierwsi misjonarze baptystyczni przybyli do Japonii w 1889 r. Zostali oni wysłani przez Południową Konwencję Baptystów ze Stanów Zjednoczonych. Początkowo wysiłki misjonarzy baptystycznych koncentrowały się wokół południowych i zachodnich części kraju (szczególnie zaś na wyspie Kiusiu). W kolejnych latach baptyzm rozprzestrzenił się jednak na całą Japonię, od Hokkaido po Okinawę. W 1989 r. Japońska Konwencja Baptystyczna posiadała 242 zbory i 31 654 członków. Jest ona jedną z działających w kraju denominacji baptystów (obok Japońskiego Stowarzyszenia Baptystycznego).