Od 1919 r. pracował na Uniwersytecie Stefana Batorego w Wilnie jako zastępca profesora, gdzie habilitował się w 1920 r. pracą Dzieje Rosji do r. 1449. W 1922 r. uzyskał tytuł profesora. W latach 1922–1929 kierował katedrą historii Europy Wschodniej. W tym okresie współpracował z takimi czasopismami jak Kwartalnik Historyczny, Przegląd Powszechny, Ateneum Wileńskie, Ateneum Kapłańskie, Muzeum, Tęcza. Podczas pobytu w Wilnie kierował grupą uniwersytecką Obozu Wielkiej Polski.
Po osiągnięciu wieku emerytalnego Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego dwukrotnie przychyliło się pozytywnie wobec prośby Rady Wydziału Humanistycznego, by Koneczny mógł wykładać. W 1929 takiej zgody nie udzielono i profesor przeszedł na emeryturę. Filister honoris causa korporacji akademickiej Conradia (Web Archive)..
W 1929 powrócił do Krakowa. W latach 30. odszedł w swej aktywności naukowej od problematyki historycznej i publikował przede wszystkim na tematy związane z historiozofią, etyką i religią. Wyrazem tego były następujące opracowania: O wielości cywilizacyj (1935), Święci w dziejach narodu polskiego (1937), Rozwój moralności (1938), Protestantyzm w życiu zbiorowym (1938), Kościół jako polityczny wychowawca narodów (1938).