Publikował też w prasie katolickiej.
W czasie II wojny światowej w górnej części domu na Salwatorze, który był własnością Konecznego, dokwaterowano rodziny niemieckie. Po wkroczeniu Armii Czerwonej zamieszkała tam Helena Blum. Po wojnie zarejestrowany na Uniwersytecie Jagiellońskim, lecz bez prawa prowadzenia działalności dydaktycznej, w latach 1946–1948 publikował liczne artykuły poświęcone głównie kwestiom samorządu i historii gospodarczej w „Niedzieli” i „Tygodniku Warszawskim”
Zmarł 10 lutego 1949 roku w Krakowie, pochowany w dwa dni później w grobowcu rodzinnym na Cmentarzu Salwatorskim (sektor SC7, rząd 10, nr grobu 1).
23 września 2023 r. staraniem krakowskiego oddziału IPN odsłonięto nowy nagrobek na grobie Feliksa Konecznego i jego rodziny. mały|Grób prof. Feliksa Konecznego na cmentarzu Salwatorskim w Krakowie