Promocja doktorska Feliksa Konecznego odbyła się 2 lipca 1888 rokuRyszard Polak, Feliks Koneczny. Biografia uczonego, „Człowiek w kulturze”, nr 10 z 1998 r., s. 166..

Praca zawodowa i aktywność naukowa W 1889–1890 prowadził badania w Archiwach Watykańskich. Po powrocie pracował naukowo w Archiwum Akademii Umiejętności. Następnie pracował w bibliotekach Akademii Umiejętności i Uniwersytetu Jagiellońskiego (1897–1919), jednocześnie działał m.in. w Klubie Słowiańskim, Towarzystwie Szkoły Ludowej i Uniwersytecie Ludowym.

W tym czasie publikował liczne artykuły w czasopismach: „Czas”, „Przegląd Polski”, „Głos Narodu” i miesięczniku „Świat Słowiański”, którego był redaktorem (1905–1914).

W czasie I wojny światowej w wyniku zarządzenia ewakuacji Krakowa (w związku z toczonymi na północ od miasta walkami) Koneczny z rodziną znalazł się na Morawach w miejscowości Stare Hamry. W tym okresie napisał m.in. następujące książki: Tadeusz Kościuszko (1917), Dzieje Rosji (1917) i jako redaktor Polska w kulturze powszechnej (1918).