Powrót do wielkiej formy przypadł na jesień 2008. Francuz pojechał świetną Vueltę, zajął 8. miejsce w klasyfikacji generalnej i zdobył koszulkę najlepszego górala. Dobry występ przypieczętował wygraną w Pirenejach – na 8. etapie, po samotnej wspinaczce na Pla de Beret.
W 2009 zajął drugie miejsce w wyścigu Tour du Haut Var, wygrał etap podczas głównego sprawdzianu przed Tour de France – Critérium du Dauphiné Libéré, ale celem sezonu pozostała ponownie Vuelta. Po spokojnym ukończeniu Wielkiej Pętli i podium w Tour de l’Ain, Moncoutié ruszył do Hiszpanii. Ponownie nie pozostawił wątpliwości, kto zasługuje na pomarańczową koszulkę. Do tego ponownie wygrał etap (tym razem 13.), a przed zwycięstwem na 8. odcinku powstrzymał go tylko atak Damiano Cunego, który minął potwornie zmęczonego Francuza na ostatnim kilometrze.