przegrał z późniejszym triumfatorem turnieju Juanem Martínem del Potro. W październiku Čilić uzyskał finał zawodów w Pekinie. Po drodze Chorwat wyeliminował Nikołaja Dawydienkę, Rafaela Nadala, jednak w finale nie sprostał Novakowi Đokoviciowi. Na początku listopada Čilić po raz kolejny w sezonie osiągnął finał zawodów szczebla ATP World Tour, w Wiedniu, ale w finałowym pojedynku został pokonany przez Jürgena Melzera. Sezon zakończył na 14. miejscu w klasyfikacji ATP.
Sezon 2010 W kolejnym roku najpierw Chorwat zatriumfował w Ćennaju, po zwycięstwie w finale nad Stanem Wawrinką. Podczas Australian Open osiągnął półfinał po wygranych w IV rundzie nad Del Potro i ćwierćfinale nad Roddickiem. Pojedynek, którego stawką był finał imprezy przegrał z Murrayem. W lutym ponownie zdobył tytuł w Zagrzebiu, po wygranej w decydującym meczu nad Michaelem Berrerem. Na początku maja awansował do finału zawodów w Monachium, lecz spotkanie finałowe przegrał z Michaiłem Jużnym.