Wynikiem tego były długotrwałe spory o prawo obsadzania mukaczewskiej stolicy biskupiej. Piotr Petrović został wybrany na biskupa przez synod diecezjalny, jednak sprzeciwiający mu się książę nie wypuścił elekta z Siedmiogrodu. Święceń biskupich udzielił mu zatem prawosławny biskup Stefan z Alba Iulia. W roku 1664 podpisano unię mukaczewską, w wyniku której część prawosławnych Rusinów przeszła na katolicyzm. Po śmierci biskupa Petrovicia w 1665 roku, własnych kandydatów mianowali książę siedmiogrodzki i cesarz rzymski.
Odrodzenie Kościoła Konflikt zakończył się dopiero po objęciu rządów w diecezji przez charyzmatycznego biskupa Józefa de Camelis mianowanego przez papieża w 1689 roku. Jednakże już po najeździe Rakoczych na Zakarpacie w 1703 de Camelis został wygnany, a po jego śmierci w 1705 własnych nominatów obsadzili książę siedmiogrodzki Franciszek II Rakoczy, cesarz Józef I Habsburg i papież Klemens XI. Największe wpływy zdobył sobie nominat cesarski Józef Hodermarszky, jednak w 1715 roku został zmuszony do ustąpienia na korzyść papieskiego wikariusza generalnego Gennadego Bizancziego. W 1713 roku, na Maramureș podpisano kolejną unię prawosławnych Rusinów z Kościołem katolickim.