W 1771 diecezja mukaczewska została formalnie erygowana jako katolicka, co położyło kres pretensjom arcybiskupów Egeru do zwierzchnictwa nad tą diecezją i zakończyło spory. Jednak oczywistym następstwem konfliktów była dezorganizacja diecezji mukaczewskiej, która rozpadła się na kilka grup parafii żyjących praktycznie niezależnie od siebie. Stanowi temu zaradzono dopiero pod koniec XVIII wieku. Żywa działalność Kościoła nastąpiła w XIX wieku w monarchii austro-węgierskiej.
Okres wojen Po I wojnie światowej Ruś Zakarpacka została przyłączona do Czechosłowacji. Spowodowało to konflikty między wiernymi posiadającymi już słowacką tożsamość narodową a tymi, którzy nadal uznawali się za Rusinów. Podczas II wojny światowej nastąpiła radziecka aneksja Rusi Karpackiej, w wyniku której Rusiński Kościół Katolicki był prześladowany (w zamachu zginął jego zwierzchnik biskup Teodor Romża) i zmuszony do działania w podziemiu. W tym czasie wielu greckokatolickich Rusinów porzuciło własny obrządek na rzecz obrządku łacińskiego lub zostali zmuszenia do przejścia na prawosławie tradycji bizantyjskiej. Część wyznawców wyemigrowała do Stanów Zjednoczonych, Kanady, Europy Zachodniej, Czech bądź z powodów politycznych zostali rozsiani po Związku Radzieckim.