Dopiero 24 kwietnia 1646 na zamku w Użhorodzie, za sprawą kolejnego biskupa mukaczewskiego Piotra Rostoszyńskiego i biskupa Egeru Jerzego Jakusicia, 63 prawosławnych księży przyjęło unię, która od tej pory zaczęła funkcjonować w rzeczywistości. Jej terytorialny zasięg objął 420 parafii na terenach Rusi Zakarpackiej oraz dzisiejszej wschodniej Słowacji. Wiernymi nowego Kościoła byli w przeważającej większości Rusini zamieszkujący te tereny. Organizacja kościoła rusińskiego okrzepła za czasów następnego biskupa mukaczewskiego Piotra Petrovicia.
Kryzys kościelny Nowo powstały kościół unicki przez kilka dekad przeżywał kryzys. Popierani przez habsburskich cesarzy arcybiskupi Egeru walczyli o poddanie diecezji swojej zwierzchności jako sufraganii, z kolei książęta siedmiogrodzcy dążyli do utrzymania jej niezależności od habsburskiej części Węgier i uzależnienia od siebie, zaś papieże zajmowali raczej niezdecydowane stanowisko.