Diecezja liczyła 12 dekanatów, od Wysokiego Mazowieckiego i Łomży na południu, po Kalwarię, Mariampol i Wiłkowyszki na północy. W parafiach na tym obszarze posługiwali duchowni kształceni w seminarium sejneńskim. Seminarium kształciło wielu przyszłych wybitnych litewskich duchownych, działaczy - przyszłą inteligencję odradzającego się narodu litewskiego.
Po utworzeniu Republiki Litewskiej i Rzeczypospolitej Polskiej w 1925 diecezja augustowska (sejneńska) została zniesiona i podzielona na dwie diecezje: wyłkowyską i łomżyńską. Siedziby biskupów przeniesiono do Łomży i Wyłkowyszek. Świątynia utraciła rangę katedralną i przez następne dziesięciolecia nie pełniła zaszczytnych funkcji, pozostając jedynie lokalnym ośrodkiem pielgrzymkowym oraz kościołem parafialnym.
W 1973 w związku z planami rozwoju sanktuarium maryjnego i koronacją figury Matki Boskiej Sejneńskiej kościół podominikański został podniesiony do godności bazyliki mniejszej. W 2005 świątynia została ustanowiona kolegiatą kapituły sejneńsko-wigierskiej.
Opis kościoła thumb|left|Fasada bazyliki Kościół Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny jest zbudowany z cegły o wątku nowożytnym, w stylu baroku wileńskiego. Obok kościoła w Różanymstoku stanowi jedyny przykład tego typu świątyni na terenach obecnej Polski.