Obiekt wpisany jest także do Rejestru zabytków województwa podlaskiego.
Opis ogólny Kościół jest sześcioprzęsłową halą bez wydzielonego prezbiterium. Przęsło zachodnie mieści w przyziemiu kruchtę, powyżej chór muzyczny. Świątynia posiada dwie kaplice – Serca Jezusowego z 1661 oraz Matki Boskiej z 1881. Wnętrze jest nakryte sklepieniem kolebkowym z lunetami wspartym na masywnych filarach na planie kwadratowym, do których przylegają pilastry. Kościół jest zwrócony w stronę zachodnią, a od strony wschodniej zamknięty dwuwieżową fasadą trójkondygnacyjną, przykrytą barokowymi hełmami. Wieże kościoła są jednymi z największych w województwie podlaskim. Fasada ma charakter zdecydowanie wertykalny, jest trójosiowa, dwukondygnacyjna.
Obecnie parafia przy ogromnym wsparciu władz lokalnych i centralnych, a także wiernych i Sejneńskiego Towarzystwa Opieki nad Zabytkami pracuje nad odnowieniem całego kompleksu z zachowaniem jak najbardziej zbliżonym do oryginału.
W przykościelnym Klasztorze Podominikańskim funkcjonuje utworzone i prowadzone przez Sejneńskie Towarzystwo Opieki nad Zabytkami Muzeum Diecezjalne i Etnograficzne, w których obejrzeć można szereg wystaw stałych i czasowych.