Podczas przebudowy świątyni zmieniono orientację kościoła. W miejscu poprzedniego prezbiterium zbudowano monumentalną, dwuwieżową fasadę oraz przedłużono wnętrze o dwa przęsła. W trakcie prac zlikwidowano przybudówki połączone z korpusem nawowym i prezbiterium. Rozebrana została dzwonnica stojąca po północnej stronie kościoła.
Sejneńskie Seminarium duchowne W 1804 klasztor dominikański w Sejnach został skasowany przez władze pruskie. Kościół podominikański został zamieniony na parafialny. W 1818 kościół poklasztorny został podniesiony do godności katedry diecezji augustowskiej, a zabudowania klasztorne przeznaczone na siedzibę biskupa, kurii i seminarium duchownego.
W latach 1807–1817 w salach klasztoru działało liceum, którego dyrektorem był ks. Wojciech Szweykowski (późniejszy rektor Uniwersytetu Warszawskiego). Uczelnie działające w klasztorze słynęły z wysokiego poziomu nauczania, a Sejny zdobyły miano „Oxfordu Północy”. W roku 1826 biskupem sejneńskim został Mikołaj Manugiewicz, który zdobył dotację rządową na uruchomienie i prowadzenie Seminarium Duchownego W 1826 roku w poklasztornych budynkach zostało otwarte nowe Seminarium Duchowne. Kształciło ono kleryków dla potrzeb całej nowej diecezji sejneńskiej (istniała 1818-1925), którą utworzył po zniesieniu diecezji wigierskiej Papież Pius VII.