Po zakończeniu turnieju Del Potro po raz pierwszy awansował do czołowej dziesiątki rankingu ATP, na pozycję nr 9.
Podczas halowych imprez w Madrycie, Bazylei i Paryżu najdalej doszedł do półfinału w Bazylei. W Madrycie odpadł w ćwierćfinale, a w Paryżu w 3 rundzie.
W listopadzie wystąpił w turnieju Tennis Masters Cup, z którego został wyeliminowany po meczach grupowych. Del Potro najpierw przegrał z Novakiem Đokoviciem, potem pokonał Jo-Wilfrieda Tsongę, a ostatni mecz zakończył porażką z Nikołajem Dawydienką.
W grudniu wziął udział w finałowej rundzie Pucharu Davisa przeciwko Hiszpanii. Przegrał swój pierwszy mecz z Feliciano Lópezem, a z drugiego wycofał się na skutek kontuzji uda. Ostatecznie Hiszpania pokonała Argentynę 3:1.
Sezon 2009 – zwycięstwo w US Open mały|295x295px|Del Potro podczas French Open, 2009
Pierwszy turniej w sezonie zagrał w Auckland, gdzie sięgnął po swój piąty zawodowy tytuł po zwycięstwie w finale 6:4, 6:4 nad Samem Querreyem. Na Australian Open awansował do ćwierćfinału, w którym poniósł porażkę z Rogerem Federerem 3:6, 0:6, 0:6. W lutym wystartował w dwóch imprezach rozgrywanych w hali, w San Jose i Memphis dochodząc do ćwierćfinałów.