Było to istotne, ponieważ po wojnie mógł się on obawiać oskarżenia w Norymberdze i być może zeznawania razem ze swoim protektorem Joachimem von Ribbentropem oraz Hermannem Göringiem.
Weizsäcker został aresztowany w lipcu 1947 roku w związku z Procesami Ministerstw, znanymi także jako proces z Wilhelmstrasse (z powodu lokalizacji niemieckiego Ministerstwa Spraw Zagranicznych). Procesy prowadzone przez Amerykański Trybunał Wojskowy rozpoczęły się przed blokadą Berlina zachodniego przez Związek Radziecki i zakończyły się w trakcie jej trwania. Odbyły się bez udziału ZSRR. W porównaniu z pierwszym norymberskim procesem, prowadzonym przez Międzynarodowy Trybunał Wojskowy, procesy ministerstw miały łagodniejszy przebieg i zakończyły się znacznie lżejszymi wyrokami. Weizsäcker został oskarżony o aktywny współudział w deportacji francuskich Żydów do obozu koncentracyjnego w Auschwitz, co zakwalifikowano jako zbrodnię przeciwko ludzkości.