Do samego końca pełnienia urzędu, tzn. do 25 lutego 1945 r., Weizsäcker groził separatystycznym pokojem rosyjsko-niemieckim, bądź dla odmiany – prosząc monsignore Domenico Tardiniego o bezpośrednią papieską inicjatywę w celu zakończenia wojny na froncie zachodnim, tak by Niemcy mogły zwalczyć komunizm na wschodzie. Tardini uznał to za oczywiste działanie na rzecz rozwiązania militarnego. Podobnie jak wielu polityków nazistowskich, Weizsäcker nie potrafił się pogodzić z nadciągającą nieuchronną porażką. Nie powiodła się także jego osobista próba podniesienia tematu utworzenia niemieckiego rządu przejściowego i jego własnego w nim uczestnictwa.
Oskarżenie o zbrodnie wojenne Po wyzwoleniu Rzymu spod niemieckiej okupacji, w czerwcu 1944 roku, Weizsäcker posługując się immunitetem dyplomatycznym schronił się w Campo Santo. Z tego powodu nie mógł znaleźć się w pierwszej grupie przywódców nazistowskich sądzonych przed Międzynarodowym Trybunałem w Norymberdze do Spraw Zbrodni Wojennych.