Weizsäcker, wraz ze swoim synem Richardem, który występował jako jego pomocniczy adwokat (Richard był studentem prawa w czasie, gdy odbywał się proces), stwierdził, że nie miał pojęcia, w jakim celu został utworzony obóz w Auschwitz oraz że wierzył, iż warunki bytowe żydowskich więźniów poprawią się, jeżeli zostaną deportowani na wschód. Sąd, nie posiadając wszystkich znanych dziś dowodów, obciążających Ernsta von Weizsäckera, nie był przekonany co do jego winy, szczególnie, gdy zaprezentowano akta z konferencji w Wannsee, według których masowe egzekucje Żydów miały trwać już od roku 1941. Weizsäckera skazano na siedem lat pozbawienia wolności, później karę złagodzono do pięciu lat. Na mocy generalnej amnestii Weizsäcker został zwolniony z więzienia w roku 1950. Opublikował wówczas swoje wspomnienia, w których przedstawił siebie jako zwolennika ruchu oporu. Niektórzy jego obrońcy uważają, że w zasadzie Weizsäcker w czasie służby w niemieckim rządzie, pracował przeciw celom polityki nazistowskiej, i że wyrok, jaki otrzymał, był niesprawiedliwy.