Cały kompleks budynków poddano przebudowie.
2 listopada 1789 majątki kościelne we Francji zostały znacjonalizowane. Jesienią 1792 ostatnia przeorysza, Julia Pardaillan d’Antin, opuściła klasztor razem z całą wspólnotą. Do końca Wielkiej rewolucji francuskiej obiekt stał pusty. W 1804 Napoleon Bonaparte przeznaczył kompleks budynków na więzienie stanu, jednak prace adaptacyjne trwały od 1806 do 1814 i w efekcie nikt nie został tam uwięziony w czasach Cesarstwa. W czasie przebudowy nie dokonano zasadniczych zmian w bryle i rozkładzie pomieszczeń obiektu, tym samym faktycznie ratując Fontevraud przed zupełnym zniszczeniem.
Fontevraud stało się jednym z cięższych więzień we Francji. Teoretycznie przeznaczone dla 700 osób, w praktyce mieściło często ok. 1200 więźniów płci obojga. Warunki panujące w celach były trudne - w XIX wieku notowano średnio 2 zgony na tydzień (potem warunki nieco się poprawiły). Osadzeni w Fontevraud pracowali w umieszczonej na terenie więzienia fabryce tkackiej, produkującej głównie elementy umundurowania dla armii francuskiej. Więzienie mieściło się w Fontevraud do 1963.