Wydany w lipcu 1613 osmański firman (dekret) stwierdzał już: „Starożytny klasztor znany jako Mar Saba, położony w pustynnym regionie na wschód od Jerozolimy, jest klasztorem mnichów serbskich”.
Napływ mnichów z terenów spoza Palestyny i Syrii wpływał na kulturowe zmiany w klasztorze. Język arabski przestawał być medium literatury i religioznawstwa, a to z kolei pogłębiało izolację klasztoru. Angielski podróżnik i odkrywca Henry Baker Tristram, relacjonując swój pobyt w Palestynie w latach 1863–64, wspominał o czterdziestu mnichach w Mar Saba, pochodzących głównie z europejskiej części Turcji, niektórzy byli Grekami, a niektórzy Rosjanami. Odnotował, że społeczność komunikowała się w języku nowogreckim.
Mnisi greccy odzyskali klasztor w 1623 i poddali go przebudowie. Po dużych zniszczeniach, spowodowanych trzęsieniem ziemi w 1834, cały obiekt został poddany restauracji. Ławra jest nadal utrzymywana przez Kościół Grecji (Grecki Kościół Prawosławny). W latach 1982–1983 na terenie ławry prowadzone były prace archeologiczne, prowadzone przez zespół Israel Antiquities Authority pod kierunkiem Josepha Patricha. W głównej monasterskiej świątyni złożone są relikwie św. Saby, które od czasów wypraw krzyżowych przechowywane były w Wenecji, skąd wróciły w 1965. Większość fresków i ikon w tej świątyni to prace współczesne.