Ruski ihumen Daniel, który pielgrzymował do Ziemi Świętej między 1106 a 1108 i mieszkał tam przez 16 miesięcy, wspominał, że w Mar Saba zastał „wspólnotę eremitów, którzy prowadzili życie monastyczne“. Źródła z okresu wypraw krzyżowych opisują, że w tym okresie chrześcijanie łacińscy udzielali klasztorowi wsparcia ekonomicznego. Królowa Melisanda z Jerozolimy przekazała klasztorowi darowiznę w postaci wiosek Kafarrus (być może współczesna al-Tira) i Betor. W 1162 ziemie te zostały sprzedane przez przełożonego klasztoru kanonikom Zakonu Rycerskiego Grobu Bożego w Jerozolimie.
Greccy mnisi pozostali w klasztorze do XIV w., kiedy to monaster przeszedł w ręce mnichów bułgarskich i serbskich. Muzułmańscy autorzy w czasach mameluków tylko w nielicznych przypadkach wspominali o klasztorze. Najprawdopodobniej klasztor stracił lokalnych zwolenników, gdy zmniejszyła się liczebność chrześcijańskiej ludności w południowej Palestynie i na wschód od Jordanu. Kandydaci do wstąpienia do monasteru jeszcze napływali z gmin chrześcijańskich w Palestynie i Syrii. Ale kiedy i ta możliwość ustała, mnichów sprowadzano z innych greckoprawosławnych krajów wschodniego basenu Morza Śródziemnego.