Zaangażowała się na rzecz popularyzacji ochrony zabytków etnograficznych poprzez pogadanki w szkołach wiejskich, na uniwersytetach ludowych i w Polskim Radiu. Podczas swojej pracy muzeologicznej awansowała latami, dochodząc do stanowiska kustosza.
Przez 3 pierwsze lata II wojny światowej miała możliwość wykonywania swojej pracy w muzeum. W 1942 roku została zwolniona przez Niemców. Zaczęła wówczas zarabiać, prowadząc prywatne lekcje. Rok później zaangażowała się w działalność na tajnych kompletach. Po opuszczeniu Wilna przez wojska hitlerowskie w lipcu 1944 powróciła do pracy muzealnej.
Po II wojnie światowej Praca na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu Po zakończeniu wojny i odłączeniu Wilna od państwa polskiego Prüfferowa wraz z mężem i środowiskiem uniwersyteckim przeprowadziła się do Torunia. Mieszkała tam od 14 lipca 1945. W nowo powstającym Uniwersytecie Mikołaja Kopernika Znamierowska-Prüfferowa otrzymała etat na stanowisku adiunkta w Katedrze Etnologii. Podejmowała nieudane próby reaktywacji wileńskiej idei etnograficznej muzeum uniwersyteckiego, nie zyskując aprobaty ówczesnych władz. Dokonała jednak zestawienia zbiorów w Dziale Etnograficznym Muzeum Miejskiego (od 1950 r.