W 1930 roku wydana została jej monografia pt. Rybołówstwo jezior trockich, po której nastąpiła kontynuacja badań w dziedzinie etnologii. Naukowymi opiekunami badaczki byli, najpierw prof. Ehrenkreutzowa, a po jej przejściu do katedry w Warszawie, Znamierowska-Prüfferowa naukowo wspierana była przez prof. Kazimierza Moszyńskiego, który w 1935 roku objął Zakład Etnologii. W 1932 roku uzyskała tytuł zawodowy magistra etnologii i etnografii. W roku 1936 została zatrudniona na stanowisko adiunkta w Zakładzie Etnologii USB. W 1939 roku obroniła doktorat na podstawie dysertacji pt. Ości rybackie. Próba klasyfikacji ości północno-wschodniej Polski napisanej pod kierunkiem prof. Moszyńskiego.
Okres międzywojenny był dla młodej naukowczyni czasem podnoszenia kwalifikacji w profesji muzeologa podczas licznych wyjazdów zagranicznych. Odbyła podróż do Francji, Austrii, Jugosławii, na Węgry, do Czechosłowacji oraz do wszystkich krajów bałtyckich. Prowadziła wtenczas także badania terenowe, gromadziła zbiory i dokumentacji dla muzeum. Podjęła dodatkowo działalność dydaktyczną, prowadząc ćwiczenia etnograficzne w Szkole Nauk Politycznych przy Instytucie Naukowo-Badawczym Europy Wschodniej w Wilnie.