Muzeum Pomorskiego), gdzie została zorganizowana przez nią pierwsza wystawa w 1948 roku.
W 1955 roku podniesiono ją do godności profesora nadzwyczajnego. Dysertacja habilitacyjna Rybackie narzędzia kolne w Polsce i w krajach sąsiednich opublikowana została w roku 1957, a w 1966 Oficyna Kościuszkowska w Stanach Zjednoczonych wydała wersję w języku angielskim.
Bibliografia dorobku naukowego prof. Marii Znamierowskiej-Prüfferowej obejmuje ponad 130 pozycji. Prace dotyczą rybołówstwa, muzealnictwa, folkloru, sztuki, budownictwa. Będąc już na emeryturze, podjęła się opracowania pozycji Tradycyjne rybołówstwo ludowe na tle zbiorów i badań Muzeum Etnograficznego w Toruniu. Była to jej ostatnia książka.
Muzeum Etnograficzne Kierując Działem Etnograficznym Muzeum Miejskiego w Toruniu w latach 1946–1958, od początku formułowała koncepcję utworzenia Muzeum Etnograficznego wraz ze skansenem jako samodzielnej placówki. Uzyskawszy zgodę władz na jego utworzenie (1953), doprowadziła do jego powstania w dniu 1 stycznia 1959 roku, w budynku dawnego Arsenału.