W kwietniu 1951 roku w ramach operacji Północ zesłano na Syberię 53 Świadków Jehowy. Operacja objęła 7 miejscowości, w tym Rygę, skąd deportowano 8 osób. Ponad połowa zesłanych, 26 osób, mieszkało w Windawie. 31 października tego samego roku zesłano dalszych 20 osób na Syberię, a ich mienie zostało skonfiskowane. Niewielka grupka około 10 głosicieli uniknęła deportacji i działała w ukryciu. Jednak niektórzy Łotysze wcześniej zesłani na Syberię właśnie tam zostali Świadkami Jehowy, a ich chrzest urządzano późną nocą w lodowatej rzece. W 1969 roku kilkoro Świadków Jehowy powróciło z zesłania. Większość łotewskich współwyznawców pomarła w obozach pracy.
Nieliczni głosiciele, którzy pozostali na Łotwie, byli intensywnie poszukiwani przez KGB. Władze zarzucały im działalność antyradziecką oraz rozprowadzały broszurę, w której Świadków Jehowy przedstawiano jako amerykańskich szpiegów. Z tego względu Świadkowie Jehowy zachowywali najwyższą ostrożność podczas głoszenia, a potajemne zebrania organizowali w rozmaitych miejscach. W latach 60. i 70. Łotwę regularnie odwiedzali głosiciele z Estonii, wygłaszali wykłady biblijne, przywozili literaturę biblijną i pokrzepiali około 25 ochrzczonych głosicieli na Łotwie.