Karoliński myśliciel rozumiał ten schemat na sposób panteistyczny, zacierając różnicę ontyczną między Bogiem a stworzeniem.
Eschatologia ciała Eriugena głosił, że w przyszłym świecie ciało przemieni się tak, że będzie miało naturę rozumną, identyczną do duszy. I dzięki temu człowiek, zatraciwszy cechy płciowe, fizyczne, będzie jednością:
Pisał, że gdy spotyka u Ojców Kościoła twierdzenia, że podobnie jak Chrystus zachował swoje ciało, w którym się ukazywał po zmartwychwstaniu, tak i wszyscy ludzie będę mieli w raju swoje fizyczne ciała, osłupiały, przejęty największą zgrozą traci mowęDe divisione naturae, 5.37; PL 122, 986B.. Zdecydowanie nie zgadzał się z uwagami Augustyna z Hippony:
Według Johna J. O’Meara, Eriugena sądził, że Augustyn naucza o ciele Chrystusa dla prostego ludu, podczas gdy dla bardziej intelektualnie nastawionych przyjąłby taki pogląd, jaki miał on sam. Mógł też źle zrozumieć rozważania biskupa Hippony z jego dzieła Komentarz słowny do Księgi Rodzaju, XII, 24.51De Genesi ad litteram, Bibliothèque augustinienne (BA) 49, 418;