Eriugena zdefiniował naturę jako „to co jest i to, co nie jest” – byt i niebyt. Jako niebyt należy rozumieć m.in. Boga, który jest kimś istniejącym ponad bytem (zob. teologia negatywna). Karoliński scholastyk stawiał tezę, że ta sama rzeczywistość może być widziana z jednej perspektywy jako byt, a z innej jako nie-byt. Różnica między bytem a nie-bytem, a więc między światem a Bogiem staje się przy takim podejściu kwestią punktu, z którego się obserwuje rzeczywistość raczej niż kwestią różnicy substancji. Niweluje to metafizyczną granicę między Stwórcą a stworzeniem, co jest klasycznym panteizmemPor. .

Niebyt można interpretować także w kontekście etycznym – człowiek, który popada w grzech niejako staje się niebytem.

Rozwój świata dokonuje się zgodnie z neoplatońskim schematem wyjścia (processio) stworzeń od Boga i ich powrotu (reditus). Przy czym proces ten nie dokonuje się zgodnie z następstwem czasowym, raczej obydwa kierunki, wyjścia i powrotu, dokonują się równolegle i wzajemnie oddziałują na siebie. Poprzez wyjście stworzeń dokonuje się objawienie (teofania) Boga, którego Eriugena utożsamia z Chrystusem (Księga 2, 526).