Kosmologia Eriugena był wykształcony na pismach Augustyna i Boecjusza, a także Ojców greckich, szczególnie Grzegorza z Nyssy, Grzegorza z Nazjanzu, Jana Chryzostoma czy późniejszego Maksyma Wyznawcy, którzy przejęli, odpowiednio adaptując do kosmologii zgodnej z Objawieniem, neoplatońską metafizykęArkadiusz Baron, Neoplatońska idea Boga a ewangelizacja, Kraków: WAM 2005, s. 51 i 55-56..
W dziele De divisione naturae Eriugena przedstawił następujący metafizyczny podział bytów: natura tworząca i nie stworzona – Bóg jako stwórca natura tworząca i stworzona – boskie idee, neoplatońska druga hipostaza natura nie tworząca i stworzona – poszczególne rzeczy, Arystotelesowska „natura podksiężycowa" natura nie tworząca i nie stworzona – Bóg jako ostateczny cel i źródło wszelkiego powrotu, apokatastazyDe divisione naturae, 5. 20; PL 122, 893B.
Ten klasyczny podział natury Eriugena przejął od Maksyma Wyznawcy.