Źródła przekazują także, iż dom zajezdny w Kamieniu Krajeńskim wcale nie powstał, gdyż większość zatrzymujących się w mieście osób stanowili duchowni, korzystający z gościny w zamku arcybiskupa. W 1651 r. arcybiskup Maciej Łubieński wyniósł kościół kamieński do rangi kolegiaty. W XVII w. powstało w Kamieniu Krajeńskim seminarium duchowne. Na początku XVII w. ziemie krajeńskie stały się obszarem przewlekłych wojen polsko-szwedzkich. W czasie wojny (1675 rok) wojska szwedzkie pustoszyły tereny Kamienia Krajeńskiego i okolic. Za zniszczeniami spowodowanymi wojną szła groźba wybuchu epidemii, mogącej spowodować masowe wymieranie ludności. Dlatego też niektóre osady opustoszały zupełnie. Po ludności, która zamieszkiwała te tereny, pozostały tylko pustki porośnięte lasami. W ten sposób z terenu dzisiejszej gminy zginęły osady takie jak: Mochle, Stary Orzeł, Kruszewo, Żabienko, Ovialow, Preuschodorff. Ok. 1720 r. do kościoła od strony zachodniej dobudowano wieżę, a uroczysta konsekracja kościoła, której dokonał biskup chełmiński Adam Stanisław Grabowski, miała miejsce w 1738 roku (wydarzenie to upamiętnia tablica inskrypcyjna w głównej nawie kościoła).