W wyniku pierwszego rozbioru Polski (1772 rok) granica została przesunięta na południe, a Kamień Krajeński znalazł się na terytorium prowincji państwa pruskiego zwanej Prusami Zachodnimi. Wówczas utworzono również Obwód Nadnotecki, składający się z czterech powiatów, których siedzibami były: Wałcz, Kamień Krajeński, Bydgoszcz i Inowrocław. W 1809 r. w związku z licznym napływem ludności żydowskiej wybudowano w mieście synagogę. Od rozbiorów Polski, a zwłaszcza po wojnach napoleońskich, systematycznie zwiększał się odsetek ludności wyznania ewangelicko-augsburskiego. Dlatego też pod koniec XIX w. Kamień Krajeński wzbogacił się o nową świątynię: neogotycki kościół. Wiek XIX był wiekiem klęsk i nieszczęść. Najpierw w 1854 r. wybuchł pożar w Sępólnie. Wielu mieszkańców straciło wtedy dorobek całego swojego życia. Mieszkańcy okolicznych wsi (również Kamienia Krajeńskiego), choć byli bardzo biedni, zorganizowali pomoc dla ludzi z Sępólna. Po tym kataklizmie przyszedł następny. W grudniu 1855 r. na tereny Pomorza, a w tym i Krajny, nadciągnęły silne mrozy, niespotykane tutaj od wielu lat. Oprócz tego wybuchła epidemia cholery, dziesiątkująca ludność Krajny.