Podczas II wojny światowej (1939–1945) niektórzy członkowie kibucu wstąpili do brytyjskiej armii, a inni zdecydowali się na opuszczenie wioski. Po wojnie do kibucu przyjechała grupa ocalonych z Holocaustu, w wyniku czego, do trudności gospodarczych dodano problemy społeczne. Znaleziono jednak tymczasowe rozwiązanie i kibuc zaczął czerpać coraz większe dochody z obsługi ruchu turystycznego, który przybywał do nekropolii Bet Sze’arim i do farmy Szejk Abrika, aby poznać historię Alexandra Zaïda. Tymczasem, w poszukiwaniu skutecznego rozwiązania narastającego konfliktu izraelsko-arabskiego w dniu 29 listopada 1947 roku została przyjęta Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181. Zakładała ona między innymi, że kibuc Giwat Zajid miał znaleźć się w granicach nowo utworzonego państwa żydowskiego. Arabowie odrzucili tę Rezolucję i dzień później doprowadzili do wybuchu wojny domowej w Palestynie. Na samym jej początku siły Arabskiej Armii Wyzwoleńczej zajęły pobliskie wioski i sparaliżowały żydowską komunikację w regionie. Dopiero działania izraelskiej armii podjęte na początku I wojny izraelsko-arabskiej zabezpieczyły Dolinę Jezreel, stwarzając warunki do dalszego rozwoju tutejszych osiedli.