na przeszkodzie w jej objęciu stanęły braki formalne (nie był doktorem teologii) oraz spór z konkurentem Fryderykiem Staphylusem, który wykazał sprzeczności w poglądach Gnapheusa z nauką Lutra. Oskarżony o sprzyjanie zwinglianizmowi, Gnapheus został aresztowany i ekskomunikowany, a następnie wydalony z Prus Książęcych. Kilka lat później w rozprawce Antilogia (1550) opisał spór ze Staphylusem i popierającym go Melchiorem Isindrem, skarżąc się, że od współwyznawców spotkały go prześladowania „sroższe niż te, których doznał w Holandii ze strony papieżników”.
Po wydaleniu z Prus Gnapheus udał się pod protekcję Jana Łaskiego, którego poznał w Królewcu i z którym korespondował. Łaski umożliwił mu wyjazd do księstwa Fryzji Wschodniej, gdzie Gnapheusa życzliwie przyjęła księżna Anna, powierzając mu wychowanie swoich synów, a później misje dyplomatyczne w Anglii i Szwecji. U schyłku życia Gnapheus pełnił we Fryzji urząd rentmistrza. Uważał swój pobyt we Fryzji za pomyślny, czemu wyraz dał w poemacie Encomium Aembdanae civitatis (1553), zawierającym też podziękowania dla Jana Łaskiego. W tej sytuacji nie zdecydował się w 1554 na przyjęcie katedry teologii na Albertynie, którą zaproponowano mu po przejściu Staphylusa na katolicyzm, wybierając stały pobyt we Fryzji do końca życia.