Stosunki Gnapheusa z biskupem Dantyszkiem uległy pogorszeniu po przejściu tego ostatniego na stolicę warmińską. Utraciwszy złudzenia co do możliwości przekonania elbląskiego rektora do powrotu do wiary katolickiej, Dantyszek podjął starania o usunięcie go ze swojej diecezji. W odpowiedzi o prawo pobytu w Elblągu Gnapheusa zabiegały u króla Zygmunta I władze miejskie Gdańska i samego Elbląga, argumentując m.in. „długo tęsknili mieszkańcy tej ziemi za takim nauczycielem”; starania te okazały się jednak nieskuteczne i w 1541 Gnapheus, wraz z założoną rodziną (żoną i dwojgiem dzieci), wyjechał na dwór Albrechta Hohenzollerna do Królewca. Powierzono mu tam funkcję radcy dworu do spraw osadnictwa holenderskiego, ogłaszał też w Królewcu drukiem swoje dzieła sceniczne. Utworzenie Albertyny umożliwiło Gnapheusowi powrót do aktywnej pracy pedagogicznej. W 1544 stanął na czele szkoły przygotowawczej do studiów uniwersyteckich („Pedagogium”). Trzy lata później podjął starania o uzyskanie katedry teologii;