Odbył natomiast podróż do Królewca i osobiście odebrał akt rehabilitacyjny z rąk księcia Albrechta i senatu uniwersyteckiego.
Do grona jego uczniów, których sam w rozprawie Antilogia określił mianem „najuczeńszych w Sarmacji młodzieńców, którzy dzięki jego rzetelnej nauce będą mogli wielkie oddać usługi swej ojczyźnie i przyjaciołom i być ich ozdobą”, należeli m.in. Mikołaj Firlej (późniejszy wojewoda lubelski), Michał Friedwald (instygator królewski), Jerzy Kleefeld (burmistrz Gdańska), Jan von Lohe (burmistrz Królewca), Aleksander Suchten (lekarz królewski i poeta). Gnapheus zmarł w 1568 w Norden.
Bibliografia Tadeusz Oracki, Słownik biograficzny Warmii, Prus Książęcych i Ziemi Malborskiej od połowy XV do końca XVIII wieku, tom I, Wydawnictwo „Pojezierze”, Olsztyn 1984 Marian Pawlak, Wilhelm Gnapheus (1493-1568), humanista, działacz reformacji i rektor Gimnazjum Elbląskiego, w: Zasłużeni ludzie dawnego Elbląga (pod redakcją Mariana Biskupa), Zakład Narodowy imienia Ossolińskich, Wrocław 1987 Jan Szturc, Ewangelicy w Polsce.