Po powrocie został pierwszym ministrem robót publicznych Egiptu, a w 1866 ministrem spraw zagranicznych natychmiast wysłanym do Stambułu dla załatwienia dwóch zaległych spraw.
W czerwcu 1867 Isma’il został oficjalnie uznany kedywem Egiptu z prawem dziedziczenia przez najstarszego syna. Ale teraz przed Nubarem stanęło zadanie trudniejsze do wykonania niż wszystkie poprzednie. Starożytny system przepisów prawnych zwanych kapitulacjami, obowiązujący w Imperium Osmańskim od XV wieku, w Egipcie urósł do pokracznej postaci siedemnastu imperia in imperio: siedemnaście konsulatów siedemnastu odrębnych państw dysponowało siedemnastoma kodeksami, na mocy wyłącznie których ich poddani mogli być sądzeni. Francuza można było pozwać tylko przed sąd francuski, z apelacją w Aix-en-Provence, Włocha przed włoskim, Rosjanina przed rosyjskim. Propozycja Nubara polegała na tym, by wszystkie te sądy zastąpić trybunałem międzynarodowym operującym jednym, zunifikowanym kodeksem. Wygrał, mimo sprzeciwu wszystkich zainteresowanych sił, zwłaszcza zaś Wysokiej Porty, co stawia go w szeregu najwybitniejszych polityków tamtych czasów.