Ks. Franciszek Grucza zaczął współpracę z „Gryfem Pomorskim”, dbał też o zachowanie kaszubskiej kultury wśród wiernych. Równocześnie został zmuszony do podpisania volkslisty w 1942 roku. W 1943 r. wyjechał do Niemiec, by przeczekać zagrożenie. Wrócił i 21 czerwca 1944 r. aresztowano go i posłano do obozu koncentracyjnego Stutthof. Przebywał tam w grupie księży i pełnił konspiracyjne praktyki religijne. W styczniu został wysłany wraz z innymi więźniami na marsz śmierci. Uciekł z niego w Kczewie k. Przodkowa i ukrywał się w rodzinnych okolicach.
W lipcu 1945 roku został wikariuszem w archikatedrze w Gdańsku-Oliwie, nauczał też religii w szkole i prowadził chór. Pod koniec roku 1946 został proboszczem nowej parafii w Sopocie pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa przy ul. Malczewskiego. Wyremontował jej kościół, zbudował też plebanię. W parafii prowadził ożywioną działalność duszpasterską, organizował też pielgrzymki m.in. od 1946 roku. do Wejherowa. Pisał o nich w prasie. Był też wizytatorem w szkołach. W 1946 roku wziął też czynny udział w Kongresie Kaszubskim w tymże Wejherowie.