W 1959 roku został szefem kościelnej komisji ds. muzyki i śpiewu. Organizował chóry i uczył organistów. W 1960 roku został dziekanem gdańskim i był nim do 1978 roku. Bardzo aktywnie działał w pracy duszpasterskiej i organizacyjnej Kościoła na Pomorzu. Udzielał się m.in. podczas nabożeństw ku czci zamordowanych więźniów Stutthofu. Wiele osób pamięta jego niepozorny wygląd i drobną sylwetkę, ale donośny i zdecydowany głos oraz twarde przekonania.
Pod koniec 1961 roku ks. Franciszek Grucza został szambelanem papieża Jana XXIII. Później otrzymał też godność prałata jego świątobliwości. W 1966 roku doprowadził do koronacji figury Matki Boskiej Sianowskiej. Napisał na jej cześć kilka wierszy. Już przed wojną Franciszek Grucza zaczął tworzyć nowele po kaszubsku. Pisał je od 1935 roku i publikował głównie w piśmie Zrzesz Kaszëbskô. Używał pseudonimów Barnim, Gowit, Klenjocz i Woltóvk.