Na Umschlagplatzu Szpital Bersohnów i Baumanów połączył się z drugim żydowskim szpitalem funkcjonującym w getcie warszawskim − Szpitalem na Czystem. 11 września 1942 chorych i większość personelu (ok. 1000 osób) wywieziono do obozu zagłady w Treblince. Adina Blady-Szwajger podała grupie dzieci morfinę, aby mogły umrzeć na miejscu, unikając cierpień wysiedlenia.
Jeszcze w czasie wojny, na początku 1943, w opuszczonych zabudowaniach szpitala ulokowano Klinikę Dziecięcą z ulicy Litewskiej. Działała ona tam do powstania warszawskiego. Podczas powstania w budynku mieścił się szpital powstańczy.
Po zakończeniu wojny, w latach 1946–1950 (według innego źródła 1947−1950) w zabudowaniach szpitalnych mieściła się siedziba i mieszkania pracowników Centralnego Komitetu Żydów Polskich. W 1953 w budynku otwarto Szpital Zakaźny nr 3, od 1962 działający pod nazwą Szpital im. Dzieci Warszawy. W pierwszych latach leczono w nim głównie dzieci chore na błonicę, biegunki, koklusz i chorobę Heinego-Medina. W 1958, w czasie epidemii choroby Heinego-Medina, placówkę przeznaczono wyłącznie dla chorych na tę chorobę. Szpital osiągnął znaczące sukcesy w jej diagnostyce i leczeniu.