W latach 1989–1992 kompleks szpitala poddano przebudowie i modernizacji. Po modernizacji miał on 150 łóżek. Leczono w nim m.in. zakażenia przewodu pokarmowego i wirusowego zapalenia wątroby. W 2000 placówka została połączona ze Szpitalem Dziecięcym w Dziekanowie Leśnym, dokąd stopniowo przenoszono wszystkie oddziały. W 2016 właściciel nieruchomości, samorząd województwa mazowieckiego, wystawił opróżnioną nieruchomość na sprzedaż.
W 2017 budynek główny i budynek laboratoryjny (okulistyczny) szpitala zostały wpisane do rejestru zabytków.
W październiku 2018 samorząd wydzierżawił kompleks Szpitala Dziecięcego Bersohnów i Baumanów na 30 lat z przeznaczeniem na Muzeum Getta Warszawskiego. Ekspozycja główna ma znaleźć się w czterokondygnacyjnym budynku głównym szpitala, a do budynku dawnego oddziału okulistycznego ma wprowadzić się jego dział edukacji.
Upamiętnienie W 2001 na ścianie głównego budynku szpitala (od strony ulicy Śliskiej) odsłonięto tablicę upamiętniającą dyrektorkę Annę Braude-Hellerową.