Od lutego 1942 pracownicy szpitala brali udział w badaniach naukowych nad chorobą głodową w warszawskim getcie. Badania były prowadzone w tajemnicy przed Niemcami. Sekcje zwłok zmarłych z głodu pacjentów przeprowadzano w szopie na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej, w której oczekiwały one na pochówek w zbiorowych grobach. Część maszynopisów z wynikami badań zostało przekazanych na stronę „aryjską”. Zostały one opublikowane w 1946 w książce pod redakcją Emila Apfelbauma Choroba głodowa. Badania kliniczne nad głodem wykonane w getcie warszawskim w roku 1942.
W wyniku zmniejszenia obszaru getta 10 sierpnia 1942 (likwidacja tzw. małego getta podczas wielkiej akcji deportacyjnej) ewakuowano macierzysty szpital wraz z pacjentami z ulicy Siennej. 13 sierpnia szpital przeniesiono do znajdujących się w obrębie Umschlagplatzu budynków dawnych szkół powszechnych przy ulicy Stawki 6/8. Lekarze i pielęgniarki zamieszkali w kamienicy przy ul. Pawiej 22. Personel szpitala mógł wchodzić na teren Umschlagplatzu zwartą kolumną, po drobiazgowej kontroli.