XV w. był dla miasta okresem kryzysu. Pierwszym wydarzeniem tego okresu, które miało destruktywny wpływ na miasto były wojny husyckie. Podczas nich Lubań został dwukrotnie zdobyty przez wojska husyckie, pierwszy raz w roku 1427 r., a drugi raz w 1431 r. Po drugim złupieniu Lubania przez husytów miasto popadło w ruinę. W tym samym wieku miasto wielokrotnie doznało epidemii (1426, 1435, 1464, 1497-1498) oraz dwukrotnie wybuchł pożar w tkance miejskiej (1487, 1499).
Pod koniec XV w. i w XVI w. nastąpił intensywny rozwój gospodarki miasta, przede wszystkim handlu. Na przestrzeń lat 1489 – 1542 r. miasto nabywa kolejne wsie Siekierczyn, Czerna, Nawojów Łużycki, Luboszów, Dohms pod Świętoszowem, Gierałtów, Wykroty i Zebrzydowa. Lubań staje się również ważnym ośrodkiem przemysłu lnianego oraz browarniczym. Rozwój ten jest jednak zahamowany przez karę nałożoną na Związek Sześciu Miast Łużyckich w 1547 r. Miasta związku zostały oskarżone o zdradę panującego monarchy Ferdynanda I podczas trwania pierwszej wojnie szmalkaldzkiej. Głównymi zarzutami wobec związku było wysłanie słabo wyposażonych i nielicznych wojsk, unikanie podatków oraz nieposłuszeństwo wobec rozkazów króla. Miasta te, nie mając siły, by sprzeciwić się królowi, zaakceptowały karę.