Rinaldo odmówił wypłacania obu tych zaległości finansowych wobec bratanicyOman C., Mary of Modena, Londyn 1962, s. 184-185.. Dopiero w 1700 roku książę spłacił posag, ale jej spadek pozostał pod sekwestrem. Stosunki między wygnanymi Stuartami a księstwem Modeny pogorszyły się, gdy Rinaldo zawarł sojusz z cesarzem Leopoldem I Habsburgiem. Był on wrogiem Ludwika XIV, który wspierał wygnanych z Anglii Jakuba i Marię.
Jednym z pierwszych posunięć Rinaldo jako księcia Modeny i Reggio było obniżenie ceny zboża w celu poprawy warunków życia rolników na wsi. W 1702 roku, w momencie wybuchu wojny o sukcesję hiszpańską, Rinaldo ogłosił neutralność Modeny i Reggio, ale nie przeszkodziło to francuskim oddziałom w zdobyciu Modeny. Rinaldo musiał uciekać do Bolonii.
W 1707 roku, po długim oblężeniu, w którym Rinaldo sam również brał udział, niemieckie wojska odparły Francuzów od stolicy Modeny. Na mocy układu pokojowego, Modena zyskała księstwo Mirandola, ale straciła Comacchio. Rinaldo pragnął zbliżyć się do Francji, w tym celu ożenił swojego syna Franciszka z Charlottą Aglaé Orleańską, córką regenta Filipa II Burbona, księcia Orleanu. Małżeństwo to okazało się wielce uciążliwe, głównie z powodu skandalicznego zachowania Charlotty Aglae i Rinaldo musiał wybudować dla młodej pary oddzielną rezydencję w Rivalta.