Po użyciu trucizny nieselektywnej często dochodzi do kolejnych pojawów tego samego szkodnika, ponieważ trucizna zwykle jest skuteczniejsza w stosunku do entomofagów niż fitofagów i lepiej niszczy naturalnych wrogów zwalczanego szkodnika. Wkrótce pojawiają się masowo inne szkodniki, których ilość dotychczas była utrzymywana w niezatrutym środowisku na niskim poziomie przez ich naturalnych wrogów.
Indywidualne i niekontrolowane używanie środków chemicznych zmusza państwo do utrzymywania kosztownych instytucji kontrolujących ilość pestycydów w produktach spożywczych. Stosując ekologiczne metody zwalczania unikamy tych wszystkich szkodliwych ewentualności, powodowanych stosowaniem chemicznych środków ochrony roślin.
Biologiczne zwalczanie szkodników thumb|250px|Larwa biedronki jest zawsze głodna, dzięki czemu skutecznie zwalcza mszyce. Największą wadą metod biologicznych jest trudność uzyskania odpowiedniej ilości wrogów szkodnika w odpowiednim momencie, to znaczy, gdy szkodnik pojawia się masowo. Osobniki gatunku zwalczającego szkodnika są zwykle ruchliwe i po wypuszczeniu na zagrożonej plantacji część z nich odlatuje. Dlatego ta metoda lepsze efekty przynosi w pomieszczeniach zamkniętych (szklarniach), niż na otwartym polu, gdzie należy wysiać znacznie więcej organizmów zwalczających.