Ponadto Proklamacja stwarzała ramy prawne pod emancypację blisko 4 milionów niewolników, jacy mieli znaleźć się na obszarach zajmowanych przez armie Unii oraz zobowiązywała władze Unii do całkowitej likwidacji niewolnictwa, co nawet na Północy uchodziło za kontrowersyjną decyzję. Na wieść o ogłoszeniu proklamacji niewolnicy w coraz większej liczbie jęli uciekać na północ. Gdy armie Unii zaczęły zajmować tereny konfederackie, każdego dnia uwalniano tysiące niewolników (według spisu z roku 1860 było ich 4 miliony, przy czym ostatni z nich zyskali wolność w lipcu 1865 roku.
Prezydent Konfederacji Jefferson Davis w Apelu do ludności wolnych Stanów z 5 stycznia 1863 wyraził pretensję o wciągnięcie czarnych do wojny toczonej przez białych. Zapowiedział, że siły zbrojne Południa będą traktować jako niewolników wszystkich czarnych na zajętych przez siebie ziemiach. Również wyzwoleńcy na Południu mieli być przywróceni do poprzedniego stanu. Warunkiem zakończenia wojny miało być przywrócenie niewolnictwa we wszystkich stanach Konfederacji. Niewolnictwo nazwał kamieniem węgielnym republiki (corner-stone of a Republic)An address to the people of the free states by the President of the Southern Confederacy., fotokopia.