Wyłączony został także Nowy Orlean i 13 wymienionych z nazwy parafii na terenie stanu Luizjana, mimo że wszystkie w chwili ogłoszenia proklamacji znajdowały się pod kontrolą wojsk Północy.
Proklamacja była wyszydzana jako akt oswobadzający niewolników tam, gdzie Unia nie miała nic do powiedzenia. Abraham Lincoln działał zgodnie z uprawnieniami czasu wojny dającymi mu możliwość przejmowania zasobów nieprzyjaciela. Nie miał konstytucyjnych uprawnień, aby działać przeciwko niewolnictwu na terytoriach lojalnych wobec Stanów Zjednoczonych. W dniu ogłoszenia uwolniono jedynie 50 000 na niewielkim obszarze dziewięciu z dziesięciu stanów, w których znajdowała zastosowanie (Teksas był wyłączony)William C. Harris, "After the Emancipation Proclamation: Lincoln's Role in the Ending of Slavery", North & South, t.5 nr 1 z grudnia 2001, mapa na s.49.. W stanach Konfederacji (z wyjątkiem Tennessee i Teksasu), była wprowadzana w życie natychmiast po zajęciu danego terenu przez wojska Unii, przy czym co najmniej 20 000 niewolników zyskało wolność 1 stycznia 1863 roku.