Do kraju powrócił w styczniu 2006, by wziąć udział w planowanych wyborach prezydenckich.
Wybory prezydenckie 2010 i prezydentura
W lutym 2008 Alassane Ouattara został oficjalnie mianowany kandydatem RDR w wyborach prezydenckich. W listopadzie 2009 został zarejestrowany jako kandydat na urząd prezydenta przez komisję wyborczą.
W pierwszej turze wyborów prezydenckich 31 października 2010 zdobył 32% głosów poparcia i razem z urzędującym prezydentem Laurentem Gbagbo (38%) przeszedł do drugiej tury wyborów przeprowadzonej 28 listopada 2010.
Według wyników ogłoszonych 2 grudnia 2010 przez komisję wyborczą w drugiej turze wyborów zdobył 54,1% głosów, wygrywając wybory. 3 grudnia 2010 Rada Konstytucyjna kierowana przez członka partii prezydenta Gbagbo anulowała jednak wyniki wyborów w 7 północnych okręgach wyborczych stanowiących bastiony poparcia Ouattary z powodu deklarowanych przez nią fałszerstw wyborczych. Ogłoszone przez Radę wyniki przyznawały zwycięstwo Laurentowi Gbagbo (51,5% głosów). Ouattara odrzucił decyzję Rady Konstytucyjnej. 4 grudnia 2010 zarówno on, jak i Laurent Gbagbo zostali niezależnie zaprzysiężeni na stanowisko prezydenta Wybrzeża Kości Słoniowej.