W październiku sąd w Dimbokro, miejscu urodzenia Ouattary, unieważnił certyfikat. Doprowadziło do protestów i aresztowań jego zwolenników. W grudniu 1999, w czasie pobytu Ouattary we Francji, władze wydały wobec niego nakaz aresztowania.
Po trzech miesiącach nieobecności powrócił do kraju 29 grudnia 1999, pięć dni po zamachu stanu, w wyniku którego od władzy odsunięty został prezydent Bédié. Zamach stanu uznał za „rewolucję wspieraną przez cały naród”.
W sierpniu 2000 został mianowany przez RDR kandydatem na urząd prezydenta w wyborach w 2000. We wrześniu jego kandydaturę z powodu kwestii obywatelstwa (wymagane iworyjskie obywatelstwo kandydata i jego rodziców) odrzucił Sąd Najwyższy. Wybory prezydenckie w październiku 2000 wygrał Laurent Gbagbo. W listopadzie 2000 Ouattara wyjechał do Francji. Powrócił w listopadzie 2001, by wziąć udział w organizowanym przez prezydenta Gbagbo procesie porozumienia z opozycją, tzw. Forum Pojednania Narodowego.
Po wybuchu wojny domowej w Wybrzeżu Kości Słoniowej 19 września 2002 Ouattara szukał schronienia w ambasadzie Niemiec, ostatecznie dostał się do francuskiej ambasady. W listopadzie wyjechał do Gabonu, a w grudniu 2001 do Francji.