W czerwcu 1994 grupa zwolenników Ouattary wystąpiła z rządzącej Partii Demokratycznej Wybrzeża Kości Słoniowej (PDCI) i utworzyła własne ugrupowanie Zgromadzenie Republikanów (Rassemblement des Républicains, RDR). W grudniu 1994 władze uchwaliły nowe prawo wyborcze, które wymagało od kandydatów na urząd prezydenta posiadania narodowości iworyjskiej również przez jego obojga rodziców oraz zamieszkiwania w kraju przez co najmniej 5 lat przed wyborami. Uniemożliwiło to start Ouattarze, który miał być kandydatem RDR. Pomimo tego RDR mianowało Ouattarę swoim kandydatem, jednakże ostatecznie zbojkotowało wybory. W październiku 1995 prezydentem Wybrzeża Kości Słoniowej został wybranym dotychczasowy p.o. prezydenta Henri Konan Bédié z rządzącej PDCI.
Przewodniczący partii Alassane Ouattara już w marcu 1998 zadeklarował powrót do ojczyzny i do udziału w życiu politycznym. Zaraz po zakończeniu pracy w MFW, 1 sierpnia 1999 został wybrany przewodniczącym Zgromadzenia Republikanów (RDR) i mianowany kandydatem na urząd prezydenta w wyborach w 2000. W tym celu przedstawił wymagany certyfikat potwierdzający jego iworyjskie obywatelstwo oraz obywatelstwo jego rodziców. Prezydent Bédié uznał jednak dokument za sfałszowany, twierdząc, że Ouattara pochodzi z Burkina Faso. We wrześniu 1999 wszczęte zostało dochodzenie w tej sprawie.