Premier W październiku 1988 objął stanowisko prezesa Banku Centralnego Państw Afryki Zachodniej (BCEAO) z siedzibą w Dakarze, na którym nominalnie pozostał do grudnia 1993. W kwietniu 1990 prezydent Félix Houphouët-Boigny mianował go przewodniczącym Międzyresortowego Komitetu ds. Koordynacji Stabilizacji i Programu Odbudowy Gospodarczej. 7 listopada 1990 prezydent nominował go na stanowisko premiera. 4 grudnia 1990 Charles Konan Banny został tymczasowym prezesem BCEAO (od grudnia 1993 prezes BCEAO).
Jako szef rządu pełnił w sumie przez 18 miesięcy również obowiązki szefa państwa, m.in. w czasie choroby Félixa Houphouët-Boigny od marca do grudnia 1993. Po śmierci prezydenta 7 grudnia 1993, między premierem Ouattarą a przewodniczącym parlamentu Henri Konanem Bédié doszło do sporu o sukcesję. Pełniącym obowiązki szefa państwa został Bédié, a Ouattara 9 grudnia 1993 zrezygnował ze stanowiska szefa rządu.
Praca w MFW Po odejściu z rządu, od 1 lipca 1994 do 31 lipca 1998 zajmował stanowisko zastępcy dyrektora generalnego MFW w Waszyngtonie.