Słabszy okres Nastąpiły kolejne słabsze lata. Ostatni występ na arenie międzynarodowej w latach 70. miał miejsce w roku 1979 i zakończył się drugim miejscem w grupie za brazylijskim Guarani FC, co oznaczało pożegnanie się z turniejem. Po ośmiu latach przerwy, w 1982 Universitario ponownie został mistrzem Peru, a później jeszcze w 1985 i 1987. W latach 80. klub pięciokrotnie podchodził do Copa Libertadores i tylko dwukrotnie i to dzięki zmianom w regulaminie nie zakończył udziału na pierwszej rundzie. W latach 90. Univeristario pięciokrotnie zdobyło mistrzostwo kraju, nawiązując do znakomitych lat 60. Pięciokrotny udział w Copa Libertadores zawsze kończył się mizernie, w najlepszym razie na 1/8 finału. W 1992 r. drużyna zadebiutowała w mającym być odpowiednikiem europejskiego pucharu UEFA – Copa CONMEBOL. Jednak już w pierwszej rundzie Universitario uległo z łatwością Nacionalowi Quito dwukrotnie przegrywając 1:3. Ale w 1997 w drugim podejściu drużyna dotarła do półfinału, gdzie została zmasakrowana przez Clube Atlético Mineiro, triumfatora tej edycji pucharu. W latach 1998–2001 klub regularnie brał udział w Copa Merconorte, za każdym razem kończąc swój udział na pierwszej rundzie, i to na ogół na ostatni miejscu w grupie. W roku 2000 Universitario po raz ostatni jak dotąd sięgnęło po tytuł mistrza kraju.